شبکه شرق مدیترانه ای ژنومیکس و بیوتکنولوژی سلامت در نظر دارد کارگاه دو روزه ای تحت عنوان " بیوانفورماتیکس ساختاری " را در از تاریخ 2 لغایت 3 اسفند ماه 91 در محل انستیتو پاستور ایران برگزار نماید.
بیوانفورماتیکس ساختاری(Structural Bioinformatics) زیر شاخه ای از علم بیوانفورماتیکس است که به بررسی ساختار های پروتئین و چگونگی تشکیل این ساختارها پرداخته و همچنین تلاش می کند تا ساختار سه بعدی آنها را با کمک گرفتن از تکنیک‌هایی نظیر ریاضی کاربردی، انفورماتیک، آمار، علوم کامپیوتر، هوش‌مصنوعی، شیمی و بیوشیمی، حل کند.
موارد کاربرد کارگاه:
بیوانفورماتیکس ساختاری یکی از مهمترین حوزه های علم بیوانفورماتیکس است که در علوم مختلف کاربرد دارد. علومی نظیر:
زیست شناسی
پزشکی
داروسازی
شیمی
کشاورزی
علم مواد
نانو تکنولوژی
این کارگاه می تواند به دانشجویان و فارغ التحصیلان رشته های فوق کمک کند که درک بهتری از ساختارها ،چگونگی پیش بینی آن ها و همچنین رابطه ساختار با عملکرد پروتئین را بدست آورند.
سرفصل های کارگاه:
1) آشنایی با علوم بیوانفورماتیکس و پروتئومیکس
2) آشنایی با روش های استخراج توالی پروتئن ها از دیتابیس های آنلاین
3) آشنایی با روش های پیش بینی ساختار دوم پروتئین
4 ) آشنایی با روش های پیش بینی ساختار سوم پروتئین از طریق برنامه های بیوانفورماتیکس
هدف از تشکیل کارگاه:
هدف کلی:
آشنایی با ساختارهای پروتئین و راه های پیش بینی آن ها
اهداف اختصاصی اجرای برنامه:
1) آشنایی با علوم بیوانفورماتیکس و پروتئومیکس
2) آشنایی با روش های استخراج توالی پروتئن ها از دیتابیس های آنلاین
3) آشنایی با ساختار دوم پروتئین و روش های پیش بینی آن
4) آشنایی با ساختار سوم پروتئینو روش های پیش بینی آن از طریق برنامه های
بیوانفورماتیک
نحوه برگزاری کارگاه:
در قدم اول با استفاده از وب سایت NCBI)National Center for Biotechnology Information توالی Query Protein را از Structural databases نظیر PDB استخراج نموده سپس از الگوریتم BLAST: Basic Local Alignment Search Tool برای یافتن پروتئین ها ی همولوگ با Query Protein استفاده می کنیم. قدم بعدی align کردن نتایج BLAST برای یاغتن مناطق حفظ شده در طول روند تکامل می باشد که از برنامه ی CLASTALW استفاده خواهیم کرد. بعد از انتخاب Template Proteinاز میان نتایج BLAST با در نظر گرفتن فاکتورهایی نظیرpercentagesimilarity، E value، R valueو... ساختار دوم پروتئین با استفاده از برنامه ی PSIPRED تعیین خواهد شد. برای پیش بینی ساختار پروتئین ها مخصوصاً پروتئین های غشایی بررسی Hydrophobicity آمینو اسید های Query Protein امری ضروری به نظر می رسد که از طریق برنامه Hydropathy plot انجام می گیرد. در مرحله ی بعد از نرم افزار SWISSMODEL جهت پیش بینی ساختار سوم پروتئین استفاده می کنیم. و در پایان مدل طراحی شده با استفاده از برنامه WHATIF اعتبار سنجی می شود.
مدرسین:
دکتر سروش سرداری، محمد مهدی قهرمان پور، باقر گلزارروشن
مکان: انستیتو پاستور ایران، تهران
زمان: 2 و 3 اسفند 91
تلفن تماس:
66404746_021
